tendrias que arrancar con un cd de windows y entrar en modo consola, y ahi format c:
tambien te valdria cualquier utilidad con comandos de dos y que sea booteable, creo que el hiren't boot lo tiene.
Lo que nunca podras hacer es desde el ms-dos de windows, es decir entrando con cmd al modo dos por que windows no te lo permite
pero ¿ para que lo quieres hacer asi, o mejor,que es lo que quieres hacer ?